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SGTF vs rilevazione mutazione N501Y nella diagnosi dei 2 cladi della variante Omicron: BA.1 e BA.2

Dic 16, 2021 | COVID-19 Insights

Omicron rintracciata in 77 paesi

La UK Health Security Agency ha emanato, in data 10/12/2021, il nuovo bollettino tecnico settimanale di monitoraggio ed analisi della prevalenza delle forme di SARS-CoV-2 circolanti in suolo inglese nelle ultime 12 settimane.

Ciò che si nota è che in UK le forme di SARS-CoV-2 circolanti sono le 5 Variant Of Concern (V.O.C.) – Alfa, Beta, Gamma, Delta e Omicron – e le 7 V.U.I. ormai comuni nel resto d’Europa. Tra le V.O.C. per la prima volta, appare emergere la variante Omicron (B.1.1.529), con 260 casi confermati in UK fino il 6 dicembre. Ad oggi  la prevalenza è pari a 4 casi ogni 10. 

L’ultimo report settimanale dell’OMS, datato al 13/12/2021  rivela come in tutto il mondo il numero di persone colpite da Omicron si attesti intorno allo 0,1% del totale, con numeri di positivi in netto aumento, mentre la variante Delta rappresenta ancora oggi la forma circolante prevalente (99,8%).

Impatto della variante Omicron

Sebbene sembrino esserci prove che la forma Omicron possa avere un vantaggio di crescita rispetto ad altre varianti circolanti (come si evince dai dati di prevalenza mostrati nei report settimanali della OMS e della UHSA) non è ancora noto se questo si tradurrà in una maggiore trasmissibilità.

I dati riguardanti la gravità della malattia e la letalità ad essa associata sembrano confortanti, ma ciò che preoccupa maggiormente è la possibilità di evadere la risposta immunitaria indotta dal vaccino, come fatto sospettare fin dai primissimi casi rappresentati da viaggiatori vaccinati.

Il quadro che si sta delineando, quindi, porta a pensare che sia necessaria la terza dose di vaccino per reagire in maniera pronta al possibile incontro con la variante.

La parziale inefficacia della metodologia diagnostica  SGTF-sequenziamento

Da un punto di vista diagnostico, la maggior parte dei casi di Omicron confermati provengono da un processo costituito da due passaggi valido però solo per il clade BA.1:

  • individuazione della variante Omicron tramite S Gene Target Failure (SGTF)
  • sequenziamento confermativo.

Questo processo non può essere applicato alla forma BA.2, che non mostra la tipica delezione del gene S alla base della metodica SGTF e che rende dunque inutilizzabile lo schema SGTF- sequenziamento [link al nostro articolo precedente]. In mancanza di un aggiornamento delle procedure, si potrebbe andare incontro a una preoccupante sottostima dei casi legati al clade BA.2.

Basti pensare che la stessa tardiva identificazione di BA.2 potrebbe essere riconducibile proprio all’inefficacia della metodologia SGTF fin qui adottata.

Focus sulle mutazioni

Per continuare a procedere con lo schema di lavoro basato su diagnosi molecolare e sequenziamento confermativo è necessario utilizzare un test diagnostico molecolare mirato ad individuare per valutazione positiva, e non per esclusione, la presenza di una delle mutazioni caratterizzanti la variante.

Questo permetterà di definire con più precisione la circolazione dei due cladi della variante Omicron BA.1 e BA.2 ottenendo un duplice risultato:

  • azzeramento dei falsi negativi
  • selezione a monte, con importante riduzione, della mole di campioni che verranno mandati ai servizi di sequenziamento regionali

Rimane di primario interesse, vista la crescita dei nuovi casi circolanti (+27% settimanale medio), accorciare il più possibile i tempi di diagnosi tramite l’utilizzo di test che permettano anche di verificare la positività alla variante Omicron in entrambe le forme circolanti BA.1 e BA.2, riducendo così il rischio di falsi negativi e conseguenti sottostime. 

Written by Simone Di Giacomo, PhD, OaCP R&D Manager

CoViD-19 Nucleic Acid Detection Kit (VARIANTS)